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Sydney et Vaughn ont un accident de voiture : final de la saison 4.

Alors que Sydney se reveille, elle remarque que Vaughn est inconscient et que l'ambulance arrivée sur les lieux est conduite par des hommes armés. Elle arrive à leur échapper, mais Vaughn est emmené dans un helicoptère.
De retour à l'APO Sydney découvre que Vaughn est soupconné d'être un agent double. Elle fait la rencontre de Gordon Dean.
Vaughn, quant à lui, est retenu par un homme qui l'apelle M. Michaux. L'homme qui retient Vaughn le torture pour qu'il accepte de décoder un code.
A l'APO les agents commencent à avoir des doutes sur Vaughn et entreprennent des recherches.
Vaughn arrive à s'échapper et contacte Sydney. Il veut qu'elle lui rapporte la montre de son père. Syd dit à son père et Dean qu'il se trouve à Mexico.
Pendant ce temps elle retrouve Vaughn à Rome. Celui-ci lui explique qu'il s'appelle André Michaux, que son père travaillait pour Prophet 5, une organisation devant proteger l'invention de Muller. C'est René Rienne, une femme rencontrée avant son entrée à la CIA qui lui a raconté la verité.

Son père dû fuir Muller, d'où le changement d'identité. Après ces révélations, ils rejoignent un certain Lehman.

Dean est furieux et classe Sydney et Vaughn comme fugitifs, mais Marshall encode les fichiers de Vaughn pour que Dean ne puisse pas les lire.
Lehman explique à Syd et Vaughn pourquoi son père a dû changer de nom. Il travaillait sur un décodage d'une page du 5ème siècle. Une fois décodée, les scientifiques à l'origine du projet ont commencé à mourir.
S'il a contacté Vaughn maintenant c'est parce qu'il pense avoir retrouvé la piste du manuscrit. Ils partent alors au Cap en Afrique récuperer le manuscrit. Alors qu'ils sont sur le point de partir, le médecin de Sydney lui annonce qu'elle est enceinte !
 
Jack decouvre que Vaughn est en contact avec René Rienne qui est liée à de nombreuses tueries. Dean, avec l'aide de Rachel Gibson, retrouve la trace de Vaughn. Dean intercepte la remise du manuscrit et tire sur Lehmann et Vaughn. Jack est furieux contre Vaughn mais Sydney lui parle de la grossesse et dit qu'elle a confiance en lui.
Il apprend en même temps que Dean est un traitre présumé mort par la CIA.

Sydney discute du prénom avec Vaughn avant que celui-ci ne meurt. Tout l'APO se retrouve à son enterrement remplit de tristesse. Sydney decide d'aller à Londres rencontrer Renée. Syd lui dit que c'est à propos de Vaughn et Renée semble interessée. Elle lui dit alors qu'elle n'aurait pas du venir et que pour prendre ces risques, elle doit être Sydney. Mais Sydney lui repond qu'elle ne la connait sûrement pas!!!