Etudiante le jour, Sydney Bristow est également espionne pour le compte d'une branche secrète de la CIA : le SD6. Un jour, Sydney apprend que le SD6 oeuvre en fait contre les intérêts des Etats-Unis, lorsque son fiancée, Danny, se fait assassiner. C'est alors qu'elle décide de contacter la vraie CIA, et de travailler pour eux, contre le SD6, en étant agent double.