Alors que le procès d’Irina approche, Sloane informe Sydney que Richter a été infecté par un virus semblable à l’Ebola que Sark a développé. Sark étudie trois patients infectés dans un hôpital privé de Genève, que Jack et Sydney doivent infiltrer pour acquérir les résultats, en se faisant passer pour un patient du sud avec sa fille.
Jack explique à Sydney qu’il n’a jamais eu l’intention qu’elle devienne une espionne, qu’il a juste tester le projet Noël sur pour qu’elle soit assez forte contre un environnement dangereux – mais Sloane a mis la main sur elle avant lui. Elle a des doutes et est encore plus énervée lorsque Irina plaide coupable et est condamné à mort sous trois jours. Syd, espérant stopper l’exécution d’Irina, écrit une lettre à Devlin, stipulant que Jack a trahi la CIA.
Plus tard, Vaughn explique à Devlin qu’il a trouvé un test russe standardisé des années 80, similaire à celui des USA. Il croit qu’Irina a volé les recherches de Jack et il pourrait y avoir une cellule d’agents dormants russes sur le territoire même des USA. Vaughn engage Will comme indépendant pour chercher dans cette direction.
Dans l’avion vers Genève, Jack, qui est au courant de la lettre de Sydney, dit que le fait qu’Irina ait plaidé coupable était une manœuvre pour attirer la sympathie de Sydney. Syd dit que sa naissance a été sa plus grosse erreur. Ils arrivent à l’hôpital incognito – sur la table d’opération, Jack assomme les docteurs, puis télécharge la recherche tandis que Sydney prélève du sang du patient mourant, qui prononce le prénom d’Irina. Créant une explosion en mélange de l’ammonium avec de l’iode dans une centrifuge, ils s’échappent par un hélicoptère sur le toit. Jack explique qu’Irina a ordonné à Sark d’infecter ses propres hommes et de les utiliser comme un groupe test.
De retour à LA, Sloane dit à Jack qu’un vin mystérieux a été mélangé avec du VTX, une composition qui contrecarre les effets du morphate de sodium – ce qui signifie soit qu’Emily est en vie, soit qu’un rival veut faire croire à l’Alliance qu’Emily est en vie et Sloane un traite. Plus tard, Sloane entre dans une église, croyant avoir vu Emily. Jack lui dit qu’il souffre de sa culpabilité et dit qu’il y a un moyen de calmer ses inquiétudes. Sloane déterre le cercueil d’Emily – il est vide !
Sydney et Vaughn sont mis en quarantaine parce que l’étrange instrument qu’ils ont vu à Taipei s’est trouvé être la source un virus. Après une nuit de soucis ensemble attendant les résultats, les médecins disent à Sydney que les tests sont négatifs pour elle, mais ceux de Vaugh sont moins évidents. Plus tard, il est aussi relâché.
Syd regarde sur la télévision son père racontant au sénateur Douglas pendant son interrogation qu’il aime Sydney bien qu’il n’ait pas toujours été un très bon père. Toutefois, Jack ira en prison et Irina sera exécutée le lendemain. Sydney conduit la limousine de Douglas et l’oblige à lever les charges contre Jack et Irina en lui disant qu’un sénateur travaille pour l’Alliance et qu’elle révèlera ses preuves au FBI s’il ne coopère pas. C’est un mensonge, mais ça marche.
Pendant ce temps, chez lui, Vaughn se rend compte qu’il saigne sous les ongles. C’est un symptôme du virus de Sark.