Nadia est dans un cercueil à l'église. Sydney fait un discours devant tous les membres de l'APO. Au même moment un homme commence l'autopsie de Renée. Il découvre une puce électronique dans son corps. Sydney s'en veut d'avoir à nouveau fait confiance à Sloane, elle promet qu'elle ne fera plus cette erreur.
Dans la maison de Prophet 5, Peyton rejoint Sloane dans un bureau. Sur la table se trouve la page 47. A priori cela fait une semaine que Sloane essaye de déchiffrer la page. Peyton lui demande quand est-ce qu'ils auront des résultats. Sloane lui dit que cela prendra du temps, tout comme Rambaldi a pris son temps pour créer tous ces indices. Alors que Peyton aborde le sujet de Nadia, Sloane lui explique qu'il n'a aucun problème de conscience de l'avoir tuée et que personne ne doit se mettre sur son chemin dans la quête de Rambaldi. Il est d'ailleurs le seul cryptologue ayant acquis suffisamment de connaissances sur cet homme et donc prophet5 doit être patient.
A l'APO, Marshall pense que la puce trouvée sur Renée est une mémoire vieille de trente ans. En la branchant sur l'ordinateur il découvre avec Jack et Tom qu'il y a des données protégées par un algorithme. A priori certaines données sont corrompues. Jack lui demande d'extrapoler les données manquantes. Tom observe des marques sur la puce qui d'après Marshall sont peut-être un numéro de série. En observant au microscope, Jack, Tom et Marshall restent bouche bée. Tom propose que Jack aille en parler à Sydney. Un homme qui possède un système d'écoute, contacte Prophet 5 après avoir réussi à enregistrer la conversation de l'APO concernant le code de la puce trouvée dans le corps de Renée.
Sydney essaye de calmer Isabelle qui est posée dans un berceau sur la machine à lavée. Elle semble très fatiguée et la petite n'arrête pas de pleurer. Jack l'a rejoint et lui montre que le nom " André Michaux " (celui de Vaughn) est gravé sur la puce. Marshall pense que la puce a été placée il y a 30 ans dans le corps de Renée. Sydney fait la remarque que Vaughn et Renée ne se connaissait pas il y a 30 ans. Jack lui rappelle que le père de Renée et Vaughn se connaissait et ont lutté contre prophet5. A priori l'un des deux aurait implanté la puce dans le corps de Renée. Jack pense que le nom de Vaughn a été intentionnellement gravé pour être trouvé. Vaughn doit sûrement savoir ce que cette puce contient. Sydney refuse de remettre Vaughn dans la partie. Pour Prophet 5 il est mort et en plus il toujours en train de se remettre de ces blessures. Jack insiste et Sydney décide que c'est elle qui lui apportera la puce.
Peyton fait écouter à Sloane une conversation du APO. Dixon y prétendant que Sydney doit rencontrer quelqu'un à propos de la puce. Sloane n'a pas d'idée sur le contact de Sydney. Peyton lui propose de lui présenter leur agent qui va essayer d'intercepter la puce. Sloane est stupéfait lorsqu'il découvre que c'est Anna Espinosa dans le corps de Sydney.
A l'APO, Tom déchiffre une annonce dans un journal. A priori il y a un message caché à l'intérieur qui lui est destiné : " Contact effectué, attente de la réponse ". Rachel le rejoint et lui propose une sortie au cinéma. Elle se demande si elle est faite pour ce travail. Elle est encore retournée par la mort de Nadia. Elle est frustrée de n'avoir encore une fois pas su voir que son ennemi était en face d'elle. Tom l'a rassure en lui disant que c'est un bon agent. Il appelle ensuite le journal pour passer une annonce dans la prochaine édition.
Sloane explique la vie de Sydney à Anna Espinosa pour sa mission : Isabel, Vaughn…. Mais Sloane se moque d'elle car elle ne ressemble en rien à Sydney. Cette dernière a toujours réussit à la battre. Il lui explique que la procédure de transformation qu'elle a subit ne va pas lui servir. Actuellement elle est indispensable à Prophet5 mais très rapidement ils se débarrasseront d'elle dès qu'ils auront atteint leur but. Après qu'Anna ait quitté la salle, Sloane a une vision de Nadia qui lui explique qu'il n'est pas différent d'Anna. En effet, il ne sera pas éternellement indispensable à Prophet 5.
Au Népal, l'avion de Sydney est en approche et atterrit sur une piste dans la campagne. Des passagers descendent d'un autre avion. Anna passe devant un homme du coin qui l'interpelle. Il lui dit qu'il est Nabin et qu'elle aurait du le reconnaître avec son ruban rouge à sa ceinture. Anna lui fait comprendre qu'elle le testait. Il lui révèle qu'elle est aussi jolie que l'a décrit M. Vaughn ! Anna essaye de garder son calme face à cette révélation. En l'emmenant à sa jeep, Nabin lui explique que Vaughn est en train de se remettre de ses blessures. La maison se trouve à Timbo à 20 minutes d'ici. Alors qu'il charge les bagages, Anna le neutralise en lui plantant une seringue dans le cou. Un autre homme du coin arrive en voiture, récupère le corps en le plaçant dans son camion. Anna lui explique qu'il doit maintenant récupérer Sydney et l'amener à Timbo retrouver Vaughn. L'homme n'en revient pas qu'il soit vivant. Elle lui donne la ceinture rouge de Nabin et lui dit de se dépêcher. Anna démarre avec le camion juste au moment où la vraie Sydney arrive. Elle retrouve le faux Nabin et partent ensemble à la jeep.
Marshall découvre que son poste téléphonique émet de drôles de bruit. Il court avertir Jack et essaye de lui fait comprendre discrètement en écrivant sur un papier qu'ils sont sur écoute. Plus tard dans le garage souterrain, Marshall explique que Sloane a piraté le système téléphonique du APO et que la mission de Sydney est compromise. Jack demande à ce que l'on appelle Sydney immédiatement.
Au Népal, Sydney reçoit un appel alors qu'elle se trouve dans la jeep. Jack lui explique le problème. Après avoir raccrochée, elle remarque un camion arrêté au bord de la route et un homme qui leur fait signe de s'arrêter. Elle demande au faux Nabin de continuer sa route. Mais le voyant hésitant, Elle lui envoi son coude en pleine figure et rattrape le volant. L'homme du camion leur tire dessus et le faux Nabin est tué. Sydney est obligée de faire un écart pour éviter le camion. La jeeb sort de la route en faisant un tonneau et tombe en contrebas. Sydney est sonnée et se retrouve bloquée dans la jeep qui est à l'envers. Anna surgit et Sydney n'en revient pas de voir son double. Anna récupère la puce dans le sac de Sydney. Elle lui explique que si elle avait su que l'objet se trouvait dans le corps de Renée elle l'aurait pris le jour où elle l'a tué. Sydney comprend que son double est Miss Espinosa. Avant de partir, Anna lui explique qu'elle va aller passer du bon temps avec Vaughn, puis elle allume son briquet et le jette proche du réservoir. La jeep prend feu, mais Sydney est encore bloquée à l'intérieur. Alors qu'Anna s'éloigne, la jeep explose !
La jeep d'Anna s'approche de la maison de Vaughn. Elle entre discrètement dans une maison très primitive. Elle retrouve Vaughn qui s'approche d'elle doucement avec une canne. Ils s'embrassent et s'enlacent. Anna lui explique qu'elle a choisit le nom Isabelle pour leur fille et demande à Vaughn s'il aime le prénom. Il répond par l'affirmative et lui demande si ce n'était pas lui qui avait proposé ce prénom (Je pense que Vaughn comprend à ce moment là qu'il n'est pas en face de Sydney car c'était elle qui avait proposé le prénom Isabelle) car elle en avait proposé un autre. En tout cas il lui dit que cela faisait longtemps qu'il voulait la revoir. La jeep est en feu mais Sydney, blessée, est arrivée à s'en tirer. Elle remonte en direction de la route.
Peyton rejoint Sloane qui est toujours enfermé dans un bureau pour étudier la page 47. Pour l'instant il n'y a pas de progrès car il y aurait une anomalie dans le cryptage. Il aurait besoin pour déchiffrer la page, d'une copie d'un livre qui se trouve à Zurich. Peyton lui explique qu'elle se charge de récupérer cette copie. Après qu'elle soit partie, il a de nouveau une vision de Nadia. Elle lui demande combien de temps il va encore décevoir prophet5 car ils ne vont pas tarder à comprendre ce qu'il sait. Il lui répond que tous les sacrifices qu'il a fait étaient pour le plus grand bien car il a été choisit. Nadia lui demande pourquoi il a été choisi par Rambaldi. En effet, il n'est pas un homme d'honneur, il n'est pas courageux, il a tué les personne qu'il clamait aimer... Il lui demande pourquoi elle est là. Nadia lui répond qu'elle est ici pour qu'il puisse avoir Rambaldi et sa fille en même temps. C'est ce qu'il a déclaré avant qu'elle ne meure. Nadia disparaît au moment où le garde qui était dans le couloir ouvre la porte. Il demande à Sloane si tout va bien car il a entendu du bruit. Sloane lui répond que tout va bien.
Vaughn et Anna-Sydney sont autour d'un feu. Il n'en revient pas que Renée soit morte. Elle lui explique que c'est Anna (elle-même donc) qui l'a tué. Prophet5 s'est arrangé pour la libérer de sa prison. Vaughn lui explique que Renée ne lui a jamais parlé de cette puce. Elle lui explique que Marshall a découvert qu'il manquait des données, que certaines parties étaient corrompues. Vaughn lui demande dans quelle partie du corps la puce était implantée. Anna n'en a aucune idée. Il se rappelle d'une histoire que lui avait racontée son père. Comme quoi il avait percuté un arbre à vélo et perdu connaissance. Tout ce qu'il sait c'est qu'il a ensuite découvert qu'il avait une cicatrice sur la poitrine. Il a donc peut-être une puce dans son corps qui avec celle de Renée permet de décoder l'ensemble des données. Vaughn laisse donc Anna-Syd entailler sa poitrine avec un scalpel.
Sydney arrive à monter dans le camion qui était au bord de la route. Elle appelle son père pour lui dire qu'elle a été piégée et qu'Anna est au courant pour Vaughn. Elle lui explique qu'elle a maintenant un double. Elle démarre en direction de la maison où se trouve Vaughn. Alors qu'Anna opère Vaughn, celui-ci lui demande à quoi ressemble Isabelle. Elle arrive à récupérer la puce et remarque que le nom Renée Gusseau est inscrit dessus. La puce se connecte parfaitement avec celle de Renée.
A Zurich, Peyton arrive dans la bibliothèque et récupère le manuscrit. Anna et Vaughn recomposent le code à l'aide des deux puces. Ils observent une carte à l'écran et en allemand est écrit " Plan d'évacuation Alpha 3 ". Vaughn pense que c'est un plan d'évacuation datant de la guerre froide. Il découvre le plan d'un bunker de protection nucléaire situé sous le parc Bergner à Hambourg. Il propose à Anna d'y aller avec elle. Elle fait mine d'être d'accord et appele pour avoir un transport. Alors qu'elle arrive à proximité de la maison où était Vaughn, Sydney a juste le temps de voir décoller un hélicoptère.
A l'APO, Jack annonce à l'équipe que Vaughn est en vie. Tout le monde est étonné, Marshall tape du poing sur la table. Jack explique qu'il a été caché au Népal durant sa convalescence. Il leur explique que Prophet 5 a réussi à voler la puce de Sydney alors qu'elle se rendait au Népal pour retrouver Vaughn. Jack affiche une photo de Vaughn et Sydney (Anna en fait). Il y a une heure ils étaient à l'aéroport d'Hambourg. Jack leur explique que ce n'est pas Sydney qui est sur la photo. Toute l'équipe reste pantoise.
A Hambourg, Anna et Vaughn sont dans une voiture et découvre que le parc a changé depuis 30 ans. Il y a maintenant un bâtiment à la place. Vaughn propose de s'y prendre comme leur mission à Carthagène. Ils se rendent ensuite à l'intérieur.
Sloane se promène à l'extérieur du bâtiment de Prophet5. Le fantôme de Nadia est à côté de lui. Elle lui demande combien de temps il va continuer. Ils ont tué Vaughn, Renée et probablement Sydney. Il lui demande de s'arrêter. Peyton s'approche et lui donne le manuscrit. Il lui dit qu'il va devoir faire la paix avec son passé afin de se concentrer vers le futur et moins perdre de temps.
Anna et Vaughn sont à l'intérieur d'une bijouterie. Ils se font passer pour un couple et Anna demande à regarder une bague. Vaughn note qu'elle aime maintenant les gros diamants. Soudain Anna fait mine de ne pas bien se sentir. Un garde s'approche pour l'aider, mais Vaughn récupère son arme et Anna l'assomme. Vaughn pointe son arme sur le responsable du magasin et lui demande comment ils peuvent aller au sous-sol. Le responsable lui donne sa clé. Vaughn donne l'arme à Anna et descend au sous-sol. Il tombe dans une sorte de réserve où se trouvent des produits d'entretien. Il ouvre alors le plan du bunker pour se repérer. Anna appelle Prophet5 pour une extraction. Le responsable du magasin l'a supplie de ne pas le tuer. Anna l'assomme avec la crosse du pistolet. Vaughn arrive à casser un pan de mur et tombe dans une salle où se trouve une porte avec un clavier numérique. Il arrive à court-circuiter les fils et à ouvrir la porte. Il allume les lampes et découvre une grande pièce avec des bureaux et une multitude de documents accrochés aux murs. Alors qu'il commence à fouiller dans des dossiers, Anna arrive et pointe son arme sur lui. Vaughn lui demande qui elle est. Elle appuie sur la gâchette mais aucune balle ne sort. Vaughn lui montre les balles qu'il avait auparavant enlevées et lui dit qu'ils ne sont jamais allé à Carthagène. Ils se battent tous les deux. Vaughn commence par avoir le dessus et explique à Anna qu'elle embrasse très mal. Anna se rebiffe et lui envoie son genou dans les côtes et lui fait passer la tête au travers d'une vitre. La bagarre continue et Anna arrive à récupérer l'arme et à tenir Vaughn en joue. Malheureusement pour elle Sydney arrive et la tue de trois balles dont une dans la tête. Sydney s'approche de Vaughn, ils s'embrassent enfin pour de vrai.
Dans une église, Sloane allume une bougie sous le regard d'un garde de Prophet 5. Alors qu'ils sortent, un homme s'approche des bougies et récupère un message qu'a laissé Sloane. Cet homme, c'est Sark.
Dans le bunker, Sydney et Vaughn découvrent que tous les dossiers et photos concernent les recherches du père de Vaughn sur Prophet5. Toutes les organisations recensées existent toujours. Sydney lui explique qu'ils peuvent toutes les détruire. Le téléphone d'Anna sonne et Sydney se précipite pour répondre. Elle explique à Peyton qu'elle a réussit la mission et qu'elle est prête à être secourue. Sydney explique que Sloane fait partie de Prophet5 et qu'il a tué Nadia. Se faire passer pour Anna est une grande opportunité pour stopper Sloane. Elle demande à Vaughn de ne pas retourner au APO, mais d'appeler Jack et de lui expliquer la situation. Vaughn lui donne la puce de Renée. Il lui demande de la placer le système de détection de son téléphone sur cette puce afin qu'il puisse la suivre. Ils s'embrassent à nouveau puis se quittent.
Sydney (se faisant passer pour Anna) rejoint Peyton dans une voiture et lui explique qu'elle a tué la vraie Sydney. Elle lui donne ensuite la puce trouvée dans le corps de Renée.