Le Covenant

Le Covenant est une organisation qui apparaît dès le début de la saison 3. En fait, c'est le grand ennemi à combattre durant cette saison pour le gouvernement, c'est à dire la CIA. Le Covenant est une très grande organisation très bien hiérarchisée avec plusieurs cellules comme celle du Nord Ouest dirigée par Lauren Reed et Julian Sark vers la fin de la saison.
Cette agence est à l'origine de l'enlèvement de Sydney et donc de ses deux ans d'absence durant lesquels tout le monde la croyait morte. Ils chargent une personne de transformer Sydney en Julia Thorne en lui faisant subir toutes sortes d'espériences comme des lavages de cerveau, la torture, l'endoctriment à l'aide de flashs photos... Ils essayent de faire de Sydney une toute autre personne, un tueur programmé pour leur obéir et effectuer des missions au compte du Covenant.
Aussi, ils s'intéressent de très près à l'affaire Rambaldi puisqu'ils essayeront notamment de capturer le Passager alias Nadia Santos, la fille d'Irina Derevko et d'Arvin Sloane, par conséquent la demi soeur de Sydney.
Le Covenant sera plus ou moins anéanti à la fin de la saison car, tout d'abord, tous les chefs des différentes sections ont été assasinés par Lauren et Sark, puis Lauren est tuée par Vaughn et Sark est fait prisonnier par la CIA.

- Agent Cole McKenas, bras droit du grand chef du Covenant. Ce personnage apparaît une première fois dans la saison 1, puis dans la saison 3.

- Agent Julian Sark, fils du diplomate Adrian Lazarey qu'il n'a jamais connu. Il hérite cependant, alors qu'il commet un patricide, de l'argent de son père qui avait aidé Sydney dans sa quête durant ses deux ans d'abscence. Il se sert de cet argent pour financer le Covenant et devient alors un agent responsable de missions.

- Agent Lauren Reed, fille d'Olivia Reed et du sénateur. Elle a été chargée d'épouser Michael Vaughn, agent de la CIA après la "mort" de Sydney Bristow afin de lui soutirer des informations. En plus d'être une taupe au sein de la CIA, elle est d'abord une taupe au sein du NSC puisqu'elle est le bras droit du directeur. Lauren aura une relation amoureuse avec Sark. Elle sera finalement découverte par Vaughn à la fin de la saison 3 après avoir été à l'origine de la mort de son père, qui avait découvert la vérité sur elle mais voulait pourtant la protéger. S'engage alors une course poursuite qui se terminera alors qu'elle tente de tuer Sydney mais Vaughn arrive et lui tire plusieurs balles dans le corps.

- Agent Olivia Reed, mère de Lauren qui agit au sein du Covenant et qui tue le Sénateur, son mari, pour protéger la couverture de sa fille au sein de la CIA et du NSC.

- Agent Simon Walker qui y travaille en tant que freelancer. Il connaît Sydney sous l'identité de Julia Thorne. Cette dernière se sert des ses charmes pour l'amadouer...