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Sydney et Vaughn se réveillent ensemble. Pendant leur discussion dans la chambre, Sydney mentionne que c'est le jour où elle reçoit son diplôme universitaire et ils parlent de son envie de quitter la CIA. Plus tard, Kendall refuse sa démission, ajoutant qu'en tant que civil, elle n'aura plus le droit de voir sa mère. Irina, espérant faire sortir Syd de la CIA, lui dit qu'elle refusera de la voir si elle reste.

A l'aquarium de Long Beach, Sark kidnappe Neil Caplan, un mathématicien de Cal Tech, avec sa femme et son fils. Ils sont emmenés en Suisse, où Sloane montre à Caplan le manuscrit de Rambaldi et lui explique ses trente de recherches des artefacts.

Alors que Sydney se prépare pour la remise des diplômes, Sloane l'appelle, visiblement pour la féliciter. Il admet qu'elle savait qu'elle et Jack étaient des agents doubles et qu'il s'est servi d'eux pour se libérer de l'Alliance. Il la prévient de ne pas se mettre en travers de son chemin. A la CIA, Kendall briefe Sydney sur le kidnapping par Sloane de Caplan, dont le savoir à propos de la Théorie de Knot – la façon dont les objets géométriques s'assemblent – permettrait à Sloane de construire l'arme à partir des artefacts de Rambaldi. Syd réalise avec effroi que la lutte contre le mal est sans fin, et revient sur sa démission.

Sydney dit à Dixon qu'il a été blanchi et lui offre un travail à la CIA. Dixon, cependant, se sent manipulé par Sydney et ne veut plus jamais la voir. Il rentre chez lui auprès de sa femme et lui avoue sa vie de tromperie. Malgré son vœu d'être honnête avec elle à l'avenir, elle dit plus tard qu'elle le quittera s'il entre à la CIA.

Marshall, en revanche, s'est déjà adapté à la CIA et a trouvé un associé de Sloane – Holden Gemler, un spécialiste en cybernétique de Van Nuys. Jack découvre le corps de Gemler, avec un œil manquant, pendant sa recherche. Marshall révèle que l'œil est en fait une puce électronique et qu'ils en déduisent que Sloane a engagé Gemler pour qu'il désactive la sienne, implantée par l'Alliance. Marshall accède à la mémoire de l'oeil de Gemler, qui montre que Sloane a tué Gemler et mentionne un charter C-123 de Shipman.

Shipman est un champ d'aviation dans le Désert de Mojave. Vaughn se fait passer pour un dealer d'arme, tandis que Sydney s'infiltre et télécharge les enregistrements des données de l'avion, qui révèlent la destination finale de Sloane : la Suisse. Syd repousse un assaillant, l'envoyant valser dans le propulseur de l'avion.

Alors que Caplan accepte d'aider Sloane pour sauver sa famille, Sloane projette de cambrioler la banque de Zurich qui renferme l'invention de Caplan, un magnétomètre, qui peut mesure les champs magnétiques et assemble les pièces de Rambaldi à la perfection. Sloane parle à Emily, lui disant que leur villa en Toscane sera prête dans quelques jours.

En Suisse, Vaughn contacte un mercenaire employé par Sloane et le met presque en feu avant qu'il révèle la localisation de la femme et l'enfant de Caplan. Tandis qu'elle secourt la famille de celui-ci, Sydney demande à Marshall de déterminer la provenance des appels reçus sur le portable qu'elle a trouvé sur le kidnappeur, et découvre qu'ils venaient de la banque de Zurich. Syd et Vaughn courent à travers les rues pour y arriver à temps.

A la banque, Sloane, qui s'est déguisé en vieil homme, accède aux coffres sous prétexte d'effectuer un dépôt de 50 millions de dollars. Il tire sur le directeur de la banque et trouve le magnétomètre. Syd et Vaughn arrivent alors que Sloane et son équipe partent. La situation se dégèle lorsque Sloane dit qu'il a bourré le sous-sol avec assez de C-4 pour détruire un pâté de maison et que s'il ne sort pas dans 30 secondes, une équipe à l'extérieur déclanchera le détonateur. Sydney et Vaughn jettent leur arme à terre.

Sloane lance à Sydney un jeu de clé, lui disant que c'est elle qui le conduira dehors.