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Sydney prévient Sark en secret que s’il la dénonce, elle le fera aussi. Sark tente de la rassurer, en lui disant qu’il doit garder le silence pour sa propre sécurité. Plus tard, Sydney, inquiète, demande à Irina si elle a dit à Sark qu’elle était un agent double. Irina lui assure que non, mais en soi, cela ne signifie pas qu’elle est en sécurité.

Au SD6, Sloane annonce à une équipe, en proie aux doutes, que Sark s’est rendu et a accepté d’échanger son immunité contre des informations. Sloane les rassure en disant que Sark ne violera pas leur arrangement. Sark dit qu’il n’a aucun intérêt à les trahir. Sloane dévoile ensuite leur prochaine mission : Sydney et Dixon doivent trouver le code de communication utilisé par les troupes Ouzbèkhes. Les forces extrémistes voisines du Tajikistan essayent d’utiliser les codes pour planifier une attaque terroriste, et le SD6 veut les étudier. Irina, en entendant la mission de Sydney, demande à être relâchée pour 48 heures mais refuse de donner des détails. Sa requête est refusée.

Pendant ce temps, Sark dit à Sloane que Sydney suspecte qu’il ne s’est pas rendu sincèrement. Puisque Jack influence Sydney, ils s’accordent à penser que Jack ne doit pas connaître la véritable utilisation qu’ils veulent faire des codes. Alors que Sark part, Sloane reçoit un coup de téléphone demandant les numéros de compte de tous les investissements du SD6 – ou bien il sera considéré responsable de la mort de sa femme. Sloane se montre défiant.

Sydney et Dixon rencontre Zokolov en Ouzbékistan et obtiennent les codes qui sont dans une mallette sécurisée. Cependant, la mallette explosera si elle n’est pas ouverte avec la bonne validation – une empreinte du propriétaire, un soldat Ouzbek qui a été assassiné. Déguisé en soldat Ouzbeks, Dixon amène le corps de Sydney à la morgue. Après être entré, elle trouve le corps du soldat et obtient son empreinte. Sydney assomme plusieurs gardes, trouve Dixon et ils rentrent.

A LA, Will informe Vaughn que le KGB a inséré des questions dans le test standardisé de 1982, que 5 millions d’enfants américains ont passé. Vaughn affirme que Devlin lui a ordonné de licencier Will parce que son implication pourrait comporter des risques.

Sydney annonce à Will qu’elle doit acquérir la confiance de Sark. Plus tard, elle demande à Vaughn pourquoi la CIA a ignoré les découvertes de Will. Vaughn répond seulement que les recherches ont été envoyées au FBI. Ensuite il lui montre une montre, un cadeau de son père, qui lui avait dit : « Règle ton cœur sur les aiguilles de cette montre. » La montre s’est arrêtée le 1er octobre – le jour où il a rencontré Sydney. Leurs bippers sonnent, et la scène est interrompue.

Sydney et Vaughn découvrent que les codes servent en réalité à activer six ogives nucléaires qui ont disparu six mois auparavant. De plus, Sark a envoyé par Internet ces codes à une troisième partie inconnue. Ils auraient dû écouter Irina.

Irina affirme que si elle avait révélé les détails de sa requête, cela aurait mis Sydney en danger. Les ogives sont au Kashmir, dit-elle, dans une ancienne prison hautement sécurisée qui est à présent le QG du Front Populaire Révolutionnaire. Sydney convainc Irina de conduire une équipe au Kashmir. Jack, furieux, réagit en se joignant à l’équipe. Il donne à Irina un collier recouvert de C4, en la prévenant qu’il le fera exploser si elle tente de s’enfuir.

Bien qu’il ne travaille plus pour Vaughn, Will lui donne 40 noms d’enfants qui ont obtenu un score parfait aux tests standard. Il a fait une recherche culturelle de 1980 à 1985 pour trouver ces résultats, auxquels la CIA n’a pu accéder, selon Vaughn. Will dit qu’il essaie encore de trouver pourquoi les tests de 1982 manquent.

Se faisant passer pour une famille unie en vacances, Irina, Jack et Sydney prennent un train en direction du Kashmir. Ils sautent du train en parachute et retrouvent leur contact, qui leur fournit l’équipement nécessaire. Pendant ce temps, de retour au SD6, Sloane reçoit un petit paquet contenant le doigt d’Emily, qui porte l’alliance.

Syd, Irina et Jack tombent dans une embuscade par le Front Populaire Révolutionnaire alors qu’ils se dirigent vers le camp. Pendant la bagarre, Irina utilise le collier de C4, ainsi qu’une mitraillette. Après avoir tué les soldats, Jack informe Irina qu’elle ne portera pas d’arme. Irina acquiesce, mais lui rappelle qu’ils sont en territoire ennemi et qu’ils doivent commencer à se faire confiance. Ils repartent, tous les trois alignés.