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A Cracovie, en Pologne, des hommes se faisant passer pour des gardes d'aéroport kidnappent le professeur Sinclair, une physicienne en nucléaire. Elle se réveille attachée dans une pièce sombre et est accueillie par Arvin Sloane. En fait ce n'est pas le vrai, mais un imposteur.

Sydney et Vaughn rencontrent Jack. Il leur parle du complot élaboré derrière la quête de Vaughn de son père. Syd ajoute qu'elle croit que Sloane a récemment essayé de la tuer. Quand Syd suggère qu'ils en parlent à l'agence, Jack répond qu'il va s'en occuper.

Jack coince Sloane, qui dénie calmement son implication et souligne qu'il n'y aurait aucune justification. Ils en concluent que quelqu'un tente de faire accuser Sloane.

Le faux Sloane (Sloane 2) montre un manuscrit de Rambaldi à Sinclair, en disant qu'il a besoin qu'elle l'expertise. Elle répond qu'elle à besoin de la bobine d'un transformateur pour que cette expérience fonctionne et Sloane 2 lui réponde qu'elle devra trouver un autre moyen. Il demande à Carter, son homme de main, de la torturer.

Au bureau d'APO, Jack dit à Syd et Vaughn n'est pas derrière le complot. Puis ils utilisent Roberts, menotté, pour confirmer que leur Sloane d'APO n'est pas l'homme qu'il l'a employé. Sloane ordonne à l'équipe de trouvé l'imposteur et ils persuadent Roberts de rencontrée Carter pour parler de la bobine du transformateur.

Pendant que l'équipe d'APO surveille la scène sous couverture, Roberts entre dans un hôtel, transportant la bobine du transformateur dans une valise blindée. Vaughn dit à Roberts que quand Carter arrivera, ils entreront en scène et l'arrêteront. Un homme s'approche de Roberts, disant qu'il est là pour faire l'échange mais que celui-ci doit se dérouler dans un appartement de l'hôtel. Bien qu'inquiet que ce n'était pas Carter, Roberts accepte.

Tandis que Roberts monte par un ascenseur de verre jusqu'au toit de l'hôtel, Syd voit Sloane 2 en train de descendre par un autre ascenseur. Elle le dit à Sloane, qui répond que Sloane 2 va couper le câble. Dès qu'il termine sa phrase, l'ascenseur de Roberts s'écrase au sol. Carter récupère la bobine qu'il tend à Sloane 2.

Au bureau d'APO, Sloane suggère de se retirer la mission puisqu'elle concerne son ancienne obsession. Syd lui demande de rester pour qu'ils puissent anticiper la prochaine action de Sloane 2.

Après avoir feuilleté un manuscrit de Rambaldi sous surveillance rapprochée, Sloane dit à l'équipe que Sloane 2 est en train de construire une source d'énergie qui requiert la bobine du transformateur. Pour y parvenir, il a besoin d'un physicien en nucléaire spécialisé dans l'électrodynamique, et Jack ajoute que le Dr Sainclair, qui correspond au profil, a disparu la semaine précédente. Sloane continue en disant qu'il faut du Zanthium 242 pour que l'expérience réussisse. Il appelle un contact sicilien qui rêvent des produit chimiques et confirme qu'un certain "Arvin Sloane" a commandé une grosse quantité de Zanthium – elle doit être envoyée le lendemain matin. Sloane va en Sicile pour intercepter le colis et découvre sa destination initiale.

Déguisés en agents censés apporter le colis, Sloane et l'équipe arrivent à l'entrepôt de Sloane 2 au Chili. L'équipe se sépare : Syd et Sloane vont au laboratoire pendant que Vaughn, Weiss et Nadia tente de sauver Sinclair.

Sloane aide Sydney a entrer dans le laboratoire où ils reconnaissent la source d'énergie de Rambaldi, une boule rouge tournante, planant au-dessus d'aimants. A ce moment précis, Vaughn les contacte pour leur dire que Sloane 2 et ses hommes se sont enfuis avec Sinclair et qu'il s'est lancé à leur poursuite.

Sydney se bat contre les hommes pendant que Sinclair se cache et que Sloane 2 s'échappe. Carter arrive au laboratoire et prend le vrai Sloane pour son employé. Sloane lui tire dans la rotule et exige de savoir ce qui se passe. Carter balbutie quelques mots concernant l'immortalité, auxquels Sloane répond que les secrets de Rambaldi ne seraient jamais révélés à un idiot pareil. Sloane le frappe violemment.

Nadia arrive au laboratoire, et voir l'artefact de Rambaldi devant elle. Elle voit aussi le côté sombre de Sloane – furieux et tout éclaboussé de sang. Il se tourne vers Nadia et dit doucement : "Tout est fini, maintenant."