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Dixon se fait tirer dessus par un homme masqué. Le tireur approche et retire son masque, révélant le visage de… Vaughn.

Deux jours plus tôt, Vaughn rencontre un homme appelé Roberts dans un café parisien. Vaughn lui dit que l'employeur de Roberts ne recevra la bobine du transformateur que s'il lui donne davantage d'informations sur Bill Vaughn d'abord. Roberts appelle son employeur et le passe à Vaughn. La voix dit que puisque Vaughn n'a pas respecté leur arrangement, il doit d'abord remplir une mission pour eux. Comme on lui dit de faire, Vaughn détache une enveloppe de sous la table, qui contient des photos de Bill Vaughn, qui, selon la voix au téléphone, est tout à fait vivant.

Dans une prison fédérale, Nadia rend visite à Katya Derevko, qui se remémore avec attendrissement de son enfance avec Irina. Nadia refuse de parler de Sydney, bien que Katya veuille désespérément la voir.

Inquiet de l'exposition de Jack à des radiations lors de sa dernière mission, Marshall utilise en secret un échantillon de la sueur de Jack pour l'analyser. Plus tard, il apprend que les résultats montrent une mutation génétique à grande échelle. Il supplie Jack de consulter un docteur.

Vaughn se joint à un groupe de freelances employés pour la mission. Roberts annonce qu'ils doivent voler un objet de valeur dans un van blindé – mais d'abord, ils ont besoin d'un laser froid stocké dans un hôpital de Bordeaux. Vaughn et un membre de l'équipe infiltrent l'hôpital, d'abord déguisé en couple ayant besoin d'un soin médical, puis comme docteur et infirmière. Ils parviennent à voler le laser.

Après que Nadia a avoué à Sydney qu'elle a rendu visite à Katya pour en savoir plus sur Irina, Syd met Nadia en garde et lui révèle qu'Irina a employé un assassin pour la tuer. Syd, furieuse, fonce à l'hôpital pour voir Katya.

Syd dit à Katya de rester loin de Nadia. Elle lui répond qu'elle ne ferait jamais de mal à Syd et qu'Irina non plus. Avant de mourir, dit Katya, Irina avait l'impression que quelqu'un essayait de faire croire qu'elle tentait de tuer Sydney. Katya donne à Sydney une piste.

Roberts briefe son équipe à propos de la mission : voler un manuscrit de Rambaldi d'un convoi de la CIA. Vaughn, en colère, s'en prend à Roberts, déclarant qu'il ne peut pas trahir son agence et que s'il le faisait, il ne pourrait plus y revenir. Celui-ci répond en disant : 'tel père, tel fils', et que son père était du mauvais côté lui aussi.

Suivant la suggestion de Katya, Syd se rend à un magasin de réparation et ramène chez elle une boîte à musique. Elle réalise que les flashs de lumière qu'envoie la boîte projettent une série de chiffres, que Sydney cherche dans les fichiers de la CIA. Ils la mènent à un compte en banque contenant des paiements audit assassin de Sydney – dont la source contient le nom d'"A. Sloane". Puisque que cela innocente Irina, Syd en parle à Katya.

Vaughn et son partenaire pénètrent dans le van blindé de la CIA en perçant un trou dans le sol. Utilisant le laser froid, ils évitent le système de sécurité et récupèrent l'artefact. Vaughn s'échappe avec son partenaire – mais Dixon, qui fait partie du convoi de la CIA, les poursuit à travers un tunnel. Le partenaire de Vaughn tire sur Dixon, qui réplique. Instinctivement, Vaughn tire aussi sur Dixon. Tandis que Dixon s'affaisse au sol, Vaughn enlève son masque, réalisant ce qu'il a fait.

Vaughn rencontre Roberts dans un entrepôt et le frappe violemment. Il exige la vérité. Robert admet que Bill Vaughn est mort, et que les journaux de bord et les photos avaient été falsifiés. Il dit qu'il travaille pour Sloane.

Vaughn arrive à l'appartement de Syd et ils se prennent dans les bras. Vaughn dit que son père est effectivement mort et qu'il a réalisé qu'il savait que jamais il n'aurait quitté les gens qu'il aimait. Vaughn confie à Sydney que Sloane est derrière tout ça.

A Santiago du Chili, un agent frustré rapporte à son patron que Roberts a échoué et que le manuscrit n'a pas été retrouvé – il appelle son patron "M. Sloane". Ce Sloane, qui ressemble à Arvin Sloane, lui dit que tout devrait se passer comme prévu.