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1992. Un homme furète dans un orphelinat de Buenos Aires au beau milieu de la nuit et tente de kidnapper l'une des fillettes. La jeune Nadia lui résiste et s'enfuit.

Vaughn montre le journal de bord de son père à Sydney. Il lui demande de l'aider à accéder aux Archives des Missions. Plus tard, Vaughn décode une adresse à Lisbonne qui pourrait l'aider à résoudre le mystère concernant son père.

Au bureau d'APO, Sloane dit que l'Institut de Science biélorusse a développé un nouveau composant optique appelé Verre Amplificateur, qui peut renforcer un rayon laser. Il peut permettre à un lecteur CD laser de faire exploser un avion ou couper un tank en deux. Une faction de Jakarta a embauché César Martinez, un Argentin, pour le récupérer. Nadia le connaît – ils était autrefois partenaires dans la délinquance.

Nadia explique que Martinez est un freelancer, et a bâti sa réputation sur l'exécution d'un ancien officier argentin des services secrets, Roberto Fox. Leur mission est de doubler Martinez et d'obtenir le Verre Amplificateur lors d'une soirée que se tiendra à l'Institut de Science de Minsk. Tandis que l'équipe quitte la pièce, Nadia avoue à Sydney qu'elle connaît Martinez.

Sydney, blonde, arrive à la soirée de l'Institut de Science. Elle fait du charme à un architecte possédant un boîtier qui contient les empreintes du bâtiment et les fichiers du projet. Après avoir scanner le boîtier avec l'aide de Marshall, Syd attend Nadia qui a volé la clé d'un scientifique.

Plus tard, Nadia repère César Martinez. Nouveau flash de son adolescence. Elle pleure dans le coin d'une cellule de prison. Roberto Fox la recrute pour travailler dans les services secrets du gouvernement. Nadia s'en réfère à la directrice de l'orphelinat, qui l'encourage à accepter le travail. A la soirée, les hommes de main de Martinez ouvrent le feu, tandis que celui-ci emprunte le même chemin que Sydney.

Dans le laboratoire, Sydney ouvre le coffre et récupère le Verre Amplificateur. Quand Martinez et ses hommes entrent, Syd leur donne le Verre. Martinez demande à Sydney pour qui elle travaille. Nadia arrive et dit, "Elle travaille avec moi". Il leur laisse la vie sauve.

De retour à APO, Sloane réprimande Nadia pour ne pas lui avoir parlé de son passé concernant Martinez. Elle ne leur dit pas qu'en fait elle a travaillé avec Martinez sous le tutorat de Roberto.

A Buenos Aires, Nadia est assise à la terrasse d'un restaurant pendant que Sydney et Weiss l’observent d'un van. Martinez arrive et accepte de lui vendre le Verre à la condition qu'elle l'accompagne à son bureau, où se trouve l'objet. Nadia accepte malgré les réserves de Syd.

Martinez demande à Nadia si elle pense encore à Roberto Fox. Nouveau flash : elle retrouve son partenaire mourant, lui disant que Roberto Fox est un criminel pour qui ils ont volé des objets aux vrais services secrets. Nadia pensait qu'elle travaillait pour le gouvernement argentin.

Nadia admet avoir tué Fox et dit qu'elle le ferait encore s'il le fallait. Martinez pointe un revolver sur elle. Elle le frappe et prend le dessus, en le prenant à sont tour en joug. Sydney arrive avec Weiss. Nadia leur dit que le Verre Amplificateur est dans le coffre et Weiss emmène Martinez. Sydney et Nadia se prennent dans leurs bras.

A Lisbon, Vaughn sonne à la porte de l'adresse mentionnée dans le journal de son père. La porte s'ouvre pour laisser apparaître la directrice de l'orphelinat. Elle dit que la seule fois qu'elle a rencontré le père de Vaughn était quand il est venu la voir, couvert de sang, avec un bébé dans ses bras – le bébé était Nadia. Questionnée pour plus de détails, la directrice dit qu'elle a entendu son père mentionner un mot bien particulier pendant une conversation téléphonique : "Nightingale" (rouge-gorge).