Scénario par Roberto Orci et Alex Kurtzman. Réalisation par Michael Salomon.
Sydney s'empare de l'arme nucléaire et s'enfuit.
Le SD6 fait alors une découverte, ce serait Milo Rambaldi un chef architecte du Pape Alexandre 6, qui l'aurait créé. Mort en 1496, il a déclaré que Dieu pourrait être vu par les Hommes grâce au progrès scientifique. Pour ce fait il a été condamné à mort et son travail fut éparpillé dans le monde entier. Sloane décide d'envoyer Sydney en mission pour essayer de trouver un code secret de Rambaldi. Pour cela Syd vole une mallette dans laquelle le code se trouve. Chose étrange elle est dans un centre automobile.
C'est alors que fait l'apparition de son ennemie, une fille du KD (organisation ennemie du SD6) qui se nomme Anna Espinosa.
Sydney est alors devancée et Anna lui vole à sa barbe la mallette. S'engage une course poursuite au terme de laquelle Sydney récupère la mallette et s'enfuit.
Cependant le SD6 tombe de haut lorsqu'il apprend que le KD détient la clef qui peut ouvrir la mallette.
Sloane obtient alors un rendez-vous avec ses ennemis durant lequel les deux jeunes femmes (Sydney et Anna) verront le contenu de la mallette. En effet le KD amènera la clef et Sydney la mallette.
Quant à Will, il découvre que le jour du décès de Danny, les radars des feux rouges aux alentours de l'appartement du défunt étaient coupés.
Et Fran, elle trouve une boîte d'allumettes venant d'un hôtel, prouvant alors son fiancé l'aurait trompé!
Pour ce qui est de Vaughn, il est très en colère car il n'est plus l'agent de liaison de Sydney, il s'est fait remplacer par un agent plus vieux. Cependant Sydney décide de faire changer cet ordre en exigeant que Vaughn redevienne son agent de liaison car elle ne supporte pas l'autre.