Scénario par JJ Abrams et Réalisation par Ken Olin
Sydney fait maintenant partie de la CIA et est donc chargée en tant qu'agent double de la lourde tâche d'éliminer le SD6. Un peu naïve, elle croit que c'est tâche facile mais son contact de la CIA qui lui fournit ses contre-missions quand elle part en mission avec le SD6, Michael Vaughn, lui montre alors les plans du réseau du SD6. Retombant sur Terre, Sydney décide de réintégrer le SD6 malgré l'assassinat de Danny.
Sloane lui dit qu'une personne veut la voir. Sydney découvre alors non sans surprise son père.
Elle lui demande s’il était au courant du projet de meurtre de son fiancé. Sa réponse est affirmative. Sydney éclate alors dans une colère noire, le gifle et lui dit de ne plus jamais lui adresser la parole.
Sydney est envoyée en mission par le SD6 à Moscou pour récupérer des documents, il s'agit en fait d'une disquette qui révèlera les coordonnées d'une bombe nucléaire enterrée aux Etats Unis depuis la guerre froide.
Récupérant la disquette contenant es informations, elle la donne à Vaughn avec qui elle a rendez-vous pour qu'il fasse une copie.
Après elle rentre au SD6 et donne la disquette à Sloane. Ce dernier lui donne alors les coordonnées de l'emplacement de la bombe. Elle se trouve sous la tombe d'un certain Milochevitch. S'y rendant Sydney découvre la bombe accompagnée d'un compte à rebours de deux minutes. Elle décide alors de téléphoner à Marshall, responsable des gadgets en tout genre du SD6 et informaticien formidablement doué, pour qu'il aide à la désamorcer!
Sidney y arrive mais se rend compte qu'elle a fait une bêtise. En effet elle a téléphoné au SD6 alors que Vaughn l'avait prévenu que l'Alliance (traité dont fait parti le SD6) avait vendu cette bombe en Egypte. Elle décide alors de s'y rendre et de la voler.
Parallèlement, Will Tippin son ami journaliste lui apprend qu'il veut approfondir l'enquête sur le meurtre de Danny car celui-ci lui paraît bizarre. Il lui apprend aussi que Danny, le jour de sa mort devait s'envoler pour Singapour.
Sydney, comprenant que c'est son père qui voulait le faire évacuer des Etats Unis pour qu'ils s'enfuient tous les deux, le pardonne.
Cependant, Sydney arrive en Egypte pour dérober la bombe mais se trouve en mauvaise position....
Will dit à Sydney qu'il veut enquêter sur la mort de Danny, car il la trouve louche. Il apprendra alors que le jour de sa mort, il devait partir en avion à Singapour.